Valeria:
El numero de inscripción es único, por persona, es parte de la clave primaria de personas, pero puede haber varios alumnos con el mismo numero en distintas carreras, ya que cada persona puede estar en varias carreras.
Si la clave principal de gdc_deudores es como decís, quiere decir que no se contempló la posibilidad que un mismo concepto pueda estar pagado en una carrera y el otra no, por lo tanto la única manera de hacer que el concepto en cuestión (por ejemplo matricula) pueda estar pagado en una carrera si y en otra no parecería ser manejar 2 códigos distintos según cada carrera, Matricula Carrera A y Matricula Carrera B. DE ser asi es claramente un error o limitación del diseño, habria que ver si es un error en tu base de datos que tiene las claves de esa tabla mal generadas, o es un error de diseño y en este ultimo caso habría que ver si este error no fue subsanado en versiones posteriores. Me suena medio extraño, o hay alguna consideración que se nos escapa a vos y a mi.
Saludos
Gustavo