Hola, si el caso es que un alumno está al día en una carrera y con deuda en otra, no hay problemas. Solo debería haber un registro en la tabla de deudores por esa persona y concepto. El concepto tiene un ámbito carrera y es el dato con que se controla en las operaciones relacionadas.
En el caso de que, además la persona registre deuda en otra carrera por un concepto del mismo ámbito, deberían configurar un concepto diferente, independientemente que el ámbito sea el mismo.
Saludos