Buenas tardes, los directorios que deberían tener permisos son los que figuran en el punto de 3 del apartado pasos para la instalación del siguiente link.
http://documentacion.siu.edu.ar/wiki/SIU-Guarani/version3.15.0/actualizacion/3w
Si agregas el permiso y aún tenes el error. Probá de hacer el chown pero con el user de apache en lugar de esto → $(whoami)
Saludos.