Carina:
No sé que decirte, si tenés bien configurados los controles que indica Damián, como vos decís, y estos fueron configurados antes de las inscripciones de los alumnos, no debiera haber podido inscribirse. No tiene nada que ver que esté inscripta en 2 carreras, lo que importan son las comisiones y las bandas horarias de las comisiones.
Si todo fue cargado en tiempo y forma, debiera haber sido rechazada la 2da. inscripción. Lo único que te queda por hacer es una prueba de cada parte del SP del control para ver que es lo que funcionó mal. Esto requiere paciencia e ir ejecutando cada instrucción de SQL para ver que te devuelven, con la 2da inscripción. Con la 1ra no tiene sentido verificarlo ya que no tiene ninguna superposición horaria al no tener inscripciones previas en esa banda.
Saludos
Gustavo