Fijate el parámetro cur_forma_asignacion_folio_fisico_promo debería estar configurado con La asignación se realizará en el cierre del acta (valor C).
Esto hace que al momento de cerrar el acta recién en ese momento se asignen los folios físicos con los alumnos que finalmente quedarán en el acta que son solo aquellos que promocionaron, ya que tienen configurado que solo se incluyan en el acta los alumnos que promocionaron (parámetro cur_inserta_alumnos_no_promocionales_en_acta)
Actualmente como el parámetro cur_forma_asignacion_folio_fisico_promo lo tienen configurado para que se generen los folios fisicos al momento de la impresion y esta es anterior al cierre del acta donde podrian tener o no nota registrada los alumnos y ademas en ese momento no se evalua el parámetro cur_inserta_alumnos_no_promocionales_en_acta para ver que alumnos quedan finalmente en el acta es que considera que todos los alumnos de la comision que son promocionales van a quedar en el acta de promocion y es por ello que asigna folios en base a ese total de alumnos.
¿Pueden probar el circuito cambiando ese parámetro y nos avisan como fue?