Estimada Eugenia,
Por lo que tengo entendido, con base en consultas realizadas a infolega, si se trata de un duplicado gestionado en SICer, deberás enviar una nota firmada por una autoridad, solicitando la anulación de la oblea de seguridad del documento, adjuntando la denuncia policial correspondiente.
Luego, podrás cargar la nueva documentación emitida a SIDCer para proceder a su legalización.
Respecto a tu otra consulta, entiendo que deberás aclararlo en Observaciones, para que al momento de su aprobación, sólo se genere la oblea del documento solicitado.
Espero que esto te sea de ayuda.
Saludos,