Consulta General sobre personalizaciones

Florencia,
No seria un archivo en particular, podria ser en un archivo nuevo que se incluya en todas las paginas. Pero ahora en desarrollo lo agregue al archivo /guarani/3.16/js/basicos/varios.js
Son 3 lineas de javascript para que al tocar en el menu, el cursor se posicione en el input de busqueda. Una pavada pero me lo pidieron.
La pregunta venia mas que nada por el tema de cómo manejar las personalizaciones, que no me termina de quedar del todo claro. Gracias

Alexis.-