Hola Nicodemo,
Efectivamente si ya hicieron la instalación sin configurar los parámetros de afip en el instalador.env, deberían modificar el archivo afip.ini que se encuentra en el directorio instalación.
Respecto al error que estas teniendo, podrías verificar que el certificado (pem) indicado en el parametro “cert” tenga como primera linea y ultima linea las sgtes:
-----BEGIN CERTIFICATE-----
-----END CERTIFICATE-----
También que la clave indicada en el parámetro “key” tenga como primera y ultima linea:
-----BEGIN RSA PRIVATE KEY-----
-----END RSA PRIVATE KEY-----
Si estos archivos estan bien, podrías verificar que tengas instalada la extensión soap de php.
Cualquier cosa si seguís con el inconveniente aguardamos tu rta.
Saludos.