Me parece que corriste dos veces el script que pasa los datos de la tabla mig.sga_carreras a mig._cnv_pk_propuestas.
Fijate que en esta ultima esta marcando en todas las carreras que ya existe una propuesta con el mismo codigo.
El error que da es que la propuesta 66 no existe, y en la tabla mig._cnv_pk_propuestas dice:
66;"UASJ";"027";"";0;1;"[b]Existe una propuesta en G3 con el mismo nombre que la carrera de G2[/b]";66
Si la propuesta con codigo 027 ya existe en Guarani 3, entonces hay que actualizar el campo propuesta de la tabla mig._cnv_pk_propuestas, es decir:
UPDATE mig._cnv_pk_propuestas
SET propuesta = (SELECT propuesta FROM sga_propuestas WHERE codigo = mig._cnv_pk_propuestas.carrera)
migrar = 1,
existe = 0,
observaciones = ''
WHERE migrar = 0
AND existe = 1
AND EXISTS (SELECT 1 FROM sga_propuestas WHERE codigo = mig._cnv_pk_propuestas.carrera);