Hola Walter,
¿Que versión de Guaraní tienen instalada?
Recién a partir de la versión 3.16.0 se puede conectar Guaraní con Moodle. Te dejo documentación:
http://documentacion.siu.edu.ar/wiki/SIU-Guarani/version3.16.0/interfaces/moodle
http://documentacion.siu.edu.ar/wiki/SIU-Guarani/version3.16.0/interfaces/moodle_sso
En la operación Administrar Configuración del Sistema podes dar de alta varias conexiones a varios Moodles, y en cada una de estas conexiones le asocias diferentes responsables académicas (facultades). Osea, se puede hacer lo que planteas!!!
Te adjunto captura!!!
saludos.
