Hola Andrea! Bienvenida al foro.
Creo que lo mejor sería que una vez finalizada la instalación, borres todos los archivos relacionados para quedarte tranquila, ya que supuestamente no los vas a usar mas. Si quisieras denegar el acceso podes hacerlo mediante un alias o un virtualhost. Por ejemplo, si miras el toba.conf, vas a ver definidos los alias de los puntos de acceso. Cada uno de esos Alias están relacionados con un path que esta configurado ahí mismo. Esto le dice a apache, que aunque los archivos estén fuera de la carpeta pública, los tiene que mostrar lo mismo.
Vas a observar que a continuación hay una serie de parámetros definidos que afectan a este Alias. Para hacer una prueba, podes cambiar el atributo “AllowOverride none” por “AllowOverride limit” y 2 líneas mas abajo donde dice “Allow from all” pones “Deny from all”. Lo que vas a notar cuando trates de ingresar, luego de recargar la configuración de apache, es que no vas a tener permiso para ingresar. Si quisieras que no entre nadie, salvo por una cierta dirección IP, agregas abajo de esta última linea que modificamos “Allow from numeroip/32” ( /32 es la mascara 255.255.255.0). Al reiniciar apache vas a poder ingresar a esta carpeta, pero solo desde la ip que configuraste. Esto también es posible usando un rango de IPs, por ejemplo: Allow from 192.168.0.0/24 que permite el acceso a las 256-2 direcciones IP de ese rango.
Bueno, la idea es que si no querés borrar el directorio de instalación, podrías generar un Alias para el directorio de instalación y darle los derechos que creas conveniente. Esto lo tenés que hacer desde el archivo de configuración del apache. El nombre del archivo varia según la versión del apache y obviamente del sistema operativo que estés usando ( apache2.conf o httpd.conf).
Otra variante es instalar desde afuera del directorio público de apache. Ósea que podes generar un Alias para el directorio de instalación, y cuando termines la instalación borras el Alias y listo.
Hay otras formas de restringir el acceso, pero creo que para este punto ya vas a haber borrado el directorio =D.
Espero haber sido al menos semi claro!
Saludos, Esteban.