Hola Laura, te paso la query para completar la columna mdp_personas.usuario cuando la misma este vacía, la completa con el DNI.
UPDATE mdp_personas SET usuario = (SELECT mdp_personas_documentos.nro_documento FROM mdp_personas_documentos WHERE mdp_personas_documentos.persona = mdp_personas.persona LIMIT 1) WHERE usuario IS NULL;
NOTA: Por favor, realicen un backup antes de ejecutarla.
saludos.