Hola Romina.
No hay problema. Si bien no es recomendable correr ese comando con un superusuario, vas a poder finalizar sin problemas.
Por otro lado, la versión 4.3 de SIU-Kolla se realiza en una carpeta separada de la instalación original y sin modificar nada de la misma , por lo que si hubo algún error vas a poder revertir la situación fácilmente.