Hola Juan Alexis,
Perdón por la demora, igualmente dejo la respuesta:
El autocomplete de alumnos lo maneja la función accion__buscar_alumnos del controlador src/siu/operaciones/evaluaciones/controlador.php, el cual luego llama a la función buscar_alumnos_comision de la clase src/siu/modelo/datos/db/carga_evaluaciones_parciales.php para hacer la query.
Deberías personalizar dicha query, por lo que veo solo se utiliza para el autocomplete así que podes personalizar tranquilamente.
saludos.
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