Hola Jhon,
este tema se ha discutido en varias ocasiones desde la salida de Toba 3.0 aqui, con mayor o menor detalle siempre llegamos a lo mismo.
Que "puedas" no quiere decir que debas, sobre todo porque el "puedas" implica que vas a tener que realizar trabajo extra para hacer funcionar las cosas, que cuando una operacion te falle vas a tener que anaizar si no es a causa de esa forma de trabajo, etc... y que por trabajar con el framework de una forma distinta a la que esta actualmente pensado el codigo tambien se me va a dificultar a mi proveerte soporte.
Si piensas hacerte cargo de las modificaciones que necesites y el soporte ante un eventual problema en el funcionamiento de las operaciones.. entonces puedes hacer lo que gustes, de lo contrario.. seria mejor instalarlo como esta pensado actualmente y ver la manera de administrar usuarios via un IDP.
La administracion de los proyectos la puedes seguir realizando via toba_usuarios, solo que tendras uno por proyecto ahora.
No te guies por los proyectos internos de Toba, porque en la proxima version van a ir separados del framework tambien.
Saludos