Esteban, segun lo comentado por Emilio (GDS 46537)y que fue resuelto este problema en version 3.18. En el método get_mesaa del archivo mensajes.php la query debe tener este filtro:
WHERE men_dominio.mensaje={$parametros['mensaje']}
Por favor agregalo en la query y vuelvan a verificar los mensajes enviados por el docente a alumnos de las mesas de examen.