Estas mezclando docker-compose con Docker Swarm. Tenes que levantarlo vía “docker stack deploy …” como te dice incluso el error arriba. Los secrets externos se usan vía swarm únicamente.
Es que una cosa es arai-usuarios, es una solución independiente y así lo refleja la documentación de arai-usuarios. Te da una idea de la solución a implementar pero no toma decisiones de implementación particular, podes ejecutar LDAP como docker ya sea en kubernetes, Swarm, Docker engine local. En esos casos siempre es diferente la forma de despliegue y lo que tengas que tener en consideración. Por eso uds tienen que evaluar en detalles como desplegar este OpenLDAP y tomar la decisión con la que más se sientan a gusto (manual, docker, docker swarm, etc).
La documentación de Expedientes Electrónicos integrado esta armada en torno a Docker Swarm. Si quieren poner LDAP vía Swarm tenes que armar un service acorde para producción con tus ajustes. Si es simplemente una prueba podes usar el que proponen en dev/servicios/ldap.yml respectivamente.