Muchas gracias por comentar la solución,
En principio estaba es código
if(base64_decode($archivo,true)){
echo base64_decode($archivo);
}else{
echo ($archivo);
}
porque antes se utilizaba como método de almacenamiento la BD y los archivos ahí si se almacenaban en base64. Luego que se elimino como método de almacenamiento la base y se agrego Arai documentos se elimino esa parte del código que ya no se utilizaba.
Tengan en cuenta que cuando actualicen mapuche vana tener que modificar ese archivo q cambiaron para que les siga descargando los archivos.
Saludos
Poli