Hola Vanesa, ese tipo de inconvenientes se da cuando la notificación del estado de la cobranza de mercadopago no está llegando a SQ.
Revisen el archivo config.ini de GCO para chequear que la ruta sea la correcta. También, recuerden que GCO debe estar en un servidor público.
Quedamos a la espera que nos indiques estos pasos sirvieron o no.