Hola Marcela,
Por lo comentado hay que revisar el estado de las tres bases para identificar el problema, en esos casos no se debería realizar una sincronizacion_inicial, sería un resincrona_base, pero previamente hay que ver las bases para entender que fué lo que pasó.
Por favor cargar un GDS en Diaguita, pedir que me lo asignen a mí, y desde ahí vamos haciendo el seguimiento para detectar cual es el problema.
En la documentación da esa ruta como ejemplo, deberían buscar en que ruta tienen el toba de diaguita y ejecutar el comando en esa ubicación.