La diferencia que veo es lo que habia previo a la migracion, las 1347 filas de la 3er query.
Puede ser que haya quedado mal ese dato en esa tabla?
Porque el resultado de la query 1 (47825), el dato “cant_act_extracurriculares” de la query 2 y lo que se cuenta de lo que hay en la base de Guarani 2 todo coincide, son las 47825 filas.
¿Volviste a realizar una migración completa?