Cuando se generan legajos se generan en forma correlativa, sin importar a alumnos de que propuestas se generan legajos.
Con el parámetro definido en El numero de legajo es el mismo para todas las propuestas en las que se encuentra el alumno lo que hace es que cuando vaya a generar legajo a un alumno en una propuesta si ese alumno ya se encuentra en otra propuesta y tiene legajo entonces le asigna el mismo legajo (y asi con todas las otras propuestas en las que este inscripto actualmente y le vayan a generar legajo o que se inscriba en un futuro), pero si no tiene legajo entonces toma el ultimo nro de legajo registrado y le suma 1.
El numero de legajo lo genera en base al siguiente número de una secuencia que esta creada en la base de datos (Secuencia nro_legajo_alumno_seq).
Si Uds vienen de una migración y migraron alumnos con legajos, debieron verificar cual era el último número de legajo y asignarlo a esta secuencia.
Igualmente pueden hacerlo ahora para que de aca en mas los legajos se generen en forma correlativa y no se usen nros de legajos ya existentes. Limpiar los legajos que esten duplicados y volverlos a generar.
Esto esta documentado en: https://documentacion.siu.edu.ar/wiki/SIU-Guarani/Version3.19.0/Configuracion_del_sistema/Procesos_Personalizables#Matr.C3.ADcula
¿Pueden verificar esto de la secuencia y nos avisan?