Hola Germán, si ejecutamos el cambio de permisos y se hizo correctamente todos los archivos son propiedad del www-data. Una cosa que vi es que la carpeta login esta en php/login y además esta en php/operaciones/login, y tienen el mismo contenido pero solo se reconoce php/login, la que esta dentro de operaciones no se usa al menos hasta el momento donde se produce el error. No se cual sería el error, lo que si vi también es que todos los archivos phpctienen 640 como permisos, pero el www-data esta como usuario y grupo en conclusión esta pudiendo leer y escribir pero no tiene privilegios de ejecución. Así lo puso el comando de permisos:simple.
Como uds quieran, pero creo que por aquí la gente que tenga el mismo problema va poder saber que pasa. así descubrí que el error de autoload no tenía importancia.
Saludos y muchas gracias por todo!