Marcela, hay un valor en una tabla que podes configurar para que no actualice datos censales, los actualice siempre o solo actualice si los datos a migrar tienen fecha de ultimo cambio mayor a la fecha registrada en la base de Guarani 3.
Debes editar el archivo \02_Modulos\01_TablasConversionPK\mig_default.sql
Parametro: migrar_datos_cens
El valor por defecto es el 2. Los valores posibles son 0, 1 y 2. Alli esta documentado que significa cada valor.
Saludos!