Buenas tardes Diego,
Con respecto a tus consultas sobre la guia:
1. Los path de kolla nuevo y kolla antiguo deben ser diferentes? Versión a actualizar a cual se refieren?Tienen que ser distintos, ya que posteriormente se realiza un enlace a ese directorio. La version a actualizar seria tu kolla "antiguo"
2. El directorio "aplicación" no figura en la versión que queda actualizada, si en la anterior. ¿Se copia el directorio?Es correcta la nueva estructura, no debes copiar nada.
3. Deberían aclarar en la guia el error de las "clases repetidas"Se esta resolviendo desde Toba.
Lo ideal seria que realiace una instalación desde cero, restaurando la base de datos.
En caso de no lograrlo, te pedimos que abras un GDS para obtener mayor información.
Saludos,