Hola Diego.
"[2021-08-17 11:22:54] MAIN.WARNING: El registro de la institucion araucano con codigo '2684' y nombre 'Universidad SIGEN' fue descartado durante el proceso de actualizacion de la base de datos. Por favor verifique la tabla arau_instituciones_backup."
Ese warning es solamente aclaratorio de que se actualizaron las tablas de Araucano y por si desean chequear dichos cambios, no es nada para preocuparse.
Por otro lado te consulto, solo actualizaron Kolla o también Guaraní? Realizaron la vinculación de la misma manera en la que estaba antes? Es decir mismos usuarios/contraseñas y sistema externo?
Saludos