Fijate en la documentación el método que deben personalizar para que asigne el nro de cuil del alumno al dar de alta una persona:
https://documentacion.siu.edu.ar/wiki/SIU-Guarani/Version3.19.0/personalizaciones/procesos_personalizables#Generales
Tema: Usuario de Acceso al sistema
Para los alumnos que ya estan registrados en la base, deberían actualizar este dato por la base, seteando el dato del cuil como id de usuario de acceso a autogestion.
¿Esto es solo para los alumnos, o también para docentes y usuarios administrativos de Gestion?
Porque la asignación de id de acceso al sistema es el mismo para todos.