Hola Jose,
por lo que veo de la documentacion de G3, si el logo se encuentra en <path proyecto Guaraní>/personalizacion/www/img/ y tiene el nombre (y permisos asumo) correcto se deberia estar levantando para el sitio.
El caso de los reportes / certificados es distinto estimo y ahi depende de si modificaste la plantilla en cuestion o no… pero ignoro como lo tenga resuelto G3.
Si la ubicacion y nombre son correctos, los permisos estan bien (podes probar con un wget para ver que apache efectivamente lo sirve) y aun asi el certificado no lo incorpora te diria que hagas un hilo en la seccion de G3 ya que pareciera ser algo bastante puntual.
Saludos