Hola Mony,
las distintas versiones de Toba van actualizando las librerias ante reportes de vulnerabilidades y fixes, de acuerdo al salto que estes pegando entre versiones puede que ademas tengas cambios de comportamiento si es que para solucionar un problema de seguridad se tuvo que saltar mas de una version de la libreria.
En gral intento que las actualizaciones se den dentro de la misma rama de la libreria… PHPMailer en particular tuvo un salto importante respecto de la version que veniamos manteniendo en la rama 3.3.x, decidi dar dicho salto porque la vulnerabilidad fixeada era lo suficientemente grave como para que cualquier efecto secundario fuera un detalle.
Saludos