Si, identifiqué los registros con folios duplicados.
Correspondían a un acta de examen con más de 26 alumnos, que al migrarla intentaba generar los folios 1 y 2 con igual libro_tomo y folio_fisico:
id_acta folio libro_tomo folio_fisico
9516 1 4845 90
9516 2 4845 90
Como tuve que ajustar datos y regenerar las mesas de examen (desde módulo 4-Calendario Académico), restauré un backup en el cual el índice no había sido eliminado.