Hola Germán.
Gracias por la respuesta.
Estamos pasando a la 4.5.0, porque según la tabla de correspondencias es la soportada por gestión (https://documentacion.siu.edu.ar/wiki/SIU-Guarani/correspondencia_entre_versiones).
Y lo del cambio de directorio, es porque estamos poniendo todos los sistemas en /var/www que es el directorio para el usuario de apache.
Vamos a restaurar la base de la versión que teníamos e intentar hacer nuevamente la migración.
Les comentamos luego como nos va.
Saludos.