Hola Ignacio,
probablemente el link symbolico haya quedado apuntando a un directorio o archivo que no existe, lo que podes hacer es liquidarlo y volver a ejecutar desde el directorio del proyecto
sudo ln -s `pwd`/instalacion/toba.conf /etc/apache2/sites-available/capacitacion.conf
Despues para verificar que quedo bien armado el link desde la misma consola, lo podes verificar haciendo
ls -l /etc/apache2/sites-available
Normalmente en la ultima columna te muestra el path a donde apunta el link, si la consola esta configurada para mostrar colores incluso te marca en rojo aquellos cuyo destino no existe.
Si esta todo bien, reinicio de apache y a2ensite luego.
Saludos