Hola Gustavo,
Te comento que con la publicación de la versión 3.2.0 de SIU-Diaguita la librería de jasper reports se actualizó de 5.6.1 a 5.6.2, y por lo que pudimos consultar a compañeros de otros equipos que recientemente pasaron por la misma actualización, es que con esta versión 5.6.2 en algunas instalaciones suele ocurrir lo que les pasa a ustedes, ante esto la solución consistiria en que si se les cae el servicio de impresión, realicen lo siguiente:
sudo ./diaguita_reportes.sh restart
sudo service apache2 reload
Pueden armar un script que realice esto a demanda o ver para automatizarlo (por ej diariamente desde cron). Por nuestra parte evaluaremos si hay alguna otro tipo de solución, o también la posibilidad de volver jasper a 5.6.1.
Les estamos avisando desde el foro cualquier novedad.
Saludos,
Fernando.