Hola Vanesa!
Actualmente cuando se crea un curso en moodle desde Guaraní se debe indicar para cuál de las categorías existentes en moodle se creará el curso.
Desde Administrar Configuración del Sistema ustedes pueden indicar cuál es la categoría que aparecerá por defecto a la hora de crear cursos según las RAs definidas para dicha vinculación. Pero esto es solo un valor por defecto, el usuario puede modificarlo si así lo desea.
Saludos!