Hola Vanesa!
Lo que pueden hacer es desde Administrar Configuración del Sistema crear diferentes vinculaciones, todas con la misma plataforma de moodle, pero en cada una indicar desde la solapa de Datos Principales las Responsables Académicas correspondientes y desde la solapa de Categorías de Cursos la categoría por defecto para esa vinculación. De esta manera al generar un curso para una comisión le aparecerá determinada categoría por defecto según su Responsable Académica.
Esto solo serviría para indicar la categoría por defecto; el usuario aún podría desplegar el listado completo de categorías para modificarla. En caso de que quieran limitar las categorías visibles deberán realizar una personalización.
Saludos!