Hola Paola, cuando decís que ambos servidores son idénticos: te referís también a la base de datos?
Lo que suele llevar mas tiempo en las actualizaciones es la migración del esquema de auditoria. Por lo que cuantos mas datos tengas ahí, mas va a tardar.
Te recomiendo realizar un mantenimiento sobre los mismos y dejar en linea solo un periodo que consideren útil. El resto mantenerlos en algún backup.
Saludos, Nico