Hola Carlos,
Te recomendamos que personalicen los reportes sólo con ireports, y no con otra solución que como jaspersoft Studio, ya que el código jasper generado no va a ser 100% compatible, llegamos a realizar pruebas, pero en algunas secciones de los pdf había diferencias en como se realizaban ciertas llamadas.
Respecto al ticket 42859, esto hace mención al lanzador del servicio de impresión de jasper sobre el servidor, que cambia de la versión 5.6.2 a 5.6.1, no tiene relación con ireport.
Te recomiendo que prueben descargar java 7, y configurarlo para que cuando utilicen el ireport lo hagan con esta versión.
Saludos,
María.