Hola
Podrían hacer una ultima prueba, igualmente reseteando apache el apc se borra.
Si es un producción de prueba y sino tiene acceso de desde fuera podrían poner los permisos en 777 y probar nuevamente el limpiar cache ?
luego vuelvan a colocarlos como antes. ya que no es una buena practica asignar permisos a todos