Venta off-line. Error número de comprobante ya existe

Buenos días ,
Seguimos con este problema de error de “El número de comprobante ya existe”, esto nos sucede cuando pasamos de Factura propia de La universidad a Factura Afip, o Viceversa. Evidentemente por lo que notamos parece que queda con el último número de comprobante que se emitio del mismo tipo de factura.
Doy un ejemplo:
Estamos emitiendo facturas propias de la universidad, se generan con normalidad , llegamos al numero 14. Luego pasamos a querer generar facturas Afip y generamos 3 facturas donde el numero de comprobante se incrementa a 15, 16, 17. Luego volvemos a querer emitir factura propia, configurando todo lo necesario para esto, y al querer generar nos dice que el número de comprobante ya existe, el “15”. Es decir quedo con el último número de Factura propia y no tuvo en cuenta los comprobantes Afip que luego se generaron.
Eso es lo que nos está sucediendo.
Ahora nuestra pregunta es:

¿Podemos generar Facturas Afip y Facturas Propias simultáneamente, o esto no es posible? Ya que nosotros si bien no tenemos definido aún que tipo de factura vamos a utilizar, estamos haciendo pruebas con ambas opciones a la vez.

Aguardamos su respuesta, ya que con este problema no estamos pudiendo avanzar.

Gracias!