Buenos días,
Te explico lo que nos sucedió a nosotros en UNPAZ tal vez les sirva.
Nosotros en un ambiente de prueba estábamos generando facturas Afip y no Afip (En diferentes Unidades de Ventas) y cuando pasábamos a generar de una a otra nos tiraba este error de “El nùmero de comprobante ya existe” , el error era que estábamos utilizando el mismo punto de cobranza para ambos tipos de facturas. La solución que tuvimos a esto entonces fue generar 2 tipos de puntos de cobranzas diferentes, independiente uno para AFIP y otro para Facturas no Afip , entones cuando en las Unidades de Venta que usaban el punto de cobranza Afip el numero de comprobante no se pisaban e iban aumentando incrementalmente de a uno su número, y lo mismo pasaba con las Unidades de Ventas que Facturaban no Afip , de esta manera los numeros de comprobantes eran independientes entre facturas Afip y no afip, y con esto solucionamos el problema Eso si, cada vez que cambias de tipo de Facturación Afip o no Afip tienen que configurar los parámetros correspondientes en el sistema.
Espero les sirva.
Saludos!