Hola Alejandro,
Te comento que el control de catálogo duplicados se realiza a través de la columna diaguita.scp_catalogo_bienes_patrimoniales.codigo_completo.
Es decir que contra esta columna deberían observar que no haya duplicados, o en su defecto hacer la actualización para que no les arroje error al realizar la actualización.
La consulta que pueden ejecutar es esta (la misma del instalador):
SELECT codigo_completo FROM diaguita.scp_catalogo_bienes_patrimoniales
GROUP BY codigo_completo HAVING count(codigo_completo) > 1;
Si tienen que realizar actualizaciones sobre sus catálogos duplicados realicen sobre codigo_completo.
Saludos,
Fernando.