Hola Alejandro,
Si efectivamente la actualización debe ser individual para cada código de catálogo que tengan duplicado. La query que sugerís para realizar la actualización es correcta.
Respecto a las consideraciones, al aplicar la actualización al código correcto, este impactará automáticamente a los bienes que tengan vinculado.
Pueden consultar el catálogo de bienes y servicios brindado por la ONC para el proceso de validación, el mismo pueden descargarlo de: https://infra.datos.gob.ar/catalog/modernizacion/dataset/2/distribution/2.13/download/sibys.csv
Saludos,
Fernando.