Hola,
Jarper en el java bridge defefine una constante JAVA_PIPE_DIR =/dev/shm, para evitar el uso de ese directorio se puede configurar en el php.ini agregando lo siguiente,
por ejemplo:
java.pipe_dir = /usr/local/SIU-Pilaga-3.11.1/temp,
de esta manera dejaría de tener el problemas de permisos. Reiniciar apache.
saludos,
Jorge.