Buenas tardes Leandro!
Solo basta con que hagas el stop del servicio ubicado dentro de la carpeta bin del sistema de archivos de la nueva versión de Pilaga, y seguido a esto lo inicies nuevamente.
Los comandos serian los siguientes:
-sudo ./pilaga_reportes.sh stop
-sudo ./pilaga_reportes.sh start
En el log deberías verificar ahora que este apuntando a la ultima versión de Pilaga.
Saludos.