Hola, el mensajes nucleo de ustedes esta bien:
# file -bi src/siu/mensajes/mensajes.es.php
text/x-php; charset=iso-8859-1
sin embargo el personalizado:
# file -bi src/pers/pers_umet/mensajes/mensajes.es.php
text/x-php; charset=utf-8
Si aplico el comando que me habian pasado anteriormente (iconv -f ASCII -t ISO-8859-1//TRANSLIT) sobre ese archivo, lo corrompe y lo deja escrito hasta la parte donde hay una tilde, por ejemplo, mensajes.es.php quedaria de la siguiente manera:
<?php return array( 'nombre_sistema' => 'SIU Guaran Como ven el archivo solo queda escrito hasta que llega a la tilde de Guaraní, por eso no logro cambiarle el encoding.