Buenos días Emilio,
en este momento no hay un comando para limpiar el esquema de negocio de la base.
Si necesitan una base completa en el estado inicial (esquema de negocio y esquema de metadatos toba) lo que pueden hacer es correr nuevamente el instalador de Kolla. En los pasos finales cuando el instalador da las indicaciones para publicar en Apache por supuesto lo saltean, y la base que queda creada la usan para configurar el bases.ini de la instalación que ya tenían. La nueva carpeta de instalación la borran al finalizar.
Saludos.
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