Hola
El flujo del comando bin/guarani actualizar_alumnos_comision_moodle comienza en el archivo guarani_comando.php método opcion__actualizar_alumnos_comision_moodle y continúa en el método actualizar_alumnos_comision_moodle de la clase guarani_modelo. Este comando fue desarrolldo y testeado junto a otros cambios relacionados con Moodle, por lo que les recomendamos que actualicen de versión para poder tener esta funcionalidad y muchas otras más.
Saludos!