Hola Jorge! Bienvenido al foro.
El Pilagá esta usando la versión 1.0.4 del toba, mientras que el Mapuche esta usando la 1.1.0 . Yo los tengo a los 2 instalados en una misma máquina y no tengo ningún conflicto. Probablemente lo que vas a ver es que vas a tener 2 bases de toba, una para cada versión. Así te quedaría una base llamada toba_1_0_4 para el Toba de Pilagá y una llamada toba_mapuche para el Mapuche. Obviamente esto sin contar las bases de las aplicaciones.
Igualmente cualquier problema que tengas, no dudes en postear.
Saludos!
Esteban.