Respondo mi propio post ya que telefonicamente Alejandro me ayudo a solucionar este problema, y me parece que esta bueno agregar como lo hicimos.
Desde usuarios_toba eliminamos todos los perfiles de datos.
Luego en la instalacion de Diaguita borramos los archivos apex_usuario_perfil_datos.sql y apex_usuario_perfil_datos_dims.sql (se encuentra en diguita → aplicacion → metadatos → permisos)
El siguiente paso es migrar sucesivamente hasta la versión deseada.
Por ultimo se deberan asignar nuevamente los perfiles de datos a los usuarios. Para esto desde el diaguita entramos usuario por usuairo y hacemos modificar, asignando el perfil de Area o de Oficina de compras segun corresponda. Esta simple operacion vuelve a crear los perfiles de datos.
Desde ya muchas gracias a la gente del Siu por su ayuda.
Betiana