Con respecto a la carga de mas de un mail te conviene crear una tabla personalizada sga_datos_cen_u o algo por el estilo y pone allí los campos de e_mail_institucional y e_mail_laboral. y modificar la pagina de actualización de datos censales en 3w e inscripción a carrera de gestión para poder registrar los mismos
Con respecto a la autogeneracion de la cuenta yo te recomendaría que evalúes personalizar el sp_identdefaultag con el algoritmo utilizado para la generación de la cuenta de correos de esta forma el alumno tendría el mismo nombre de usuario para la cuenta de mail y para la de autogestión.
Saludos